清流として有名であり、「柿田川」・「四万十川」とともに、日本三大清流のひとつと言われる。
中流域が、1985年(昭和60年)に「名水百選」に、岐阜市の「長良橋」から上流約1kmまでの水浴場が、1998年に環境省認定「日本の水浴場55選」に、 2001年に「日本の水浴場88選」に、全国で唯一河川の水浴場で選定される。「長良川の鵜飼」でも有名である。
1994年(平成6年)に、長良川河口堰が出来るまでは、本州で唯一の本流に堰の無い大きな川だった。
清流にしか生息しないサツキマスの生息地 でもある。(ヤマメ、アマゴは、それぞれサクラマス、サツキマスの陸封型の呼び名である)
ギトー食品では、長良川の伏流水を地下から汲み上げて使用しております。